Menschen mit magischen Kräften sterben in dieser Welt immer mehr aus. Die vorherrschende Waffengewalt ist von Schwertern zu Magie und schließlich zu Schusswaffen übergegangen. Takeru Kusanagi besucht eine Ausbildungseinrichtung namens ANTIMAGIC ACADEMY für angehende Inquisitoren, die der Bedrohung durch die verbleibenden Magie-Benutzer entgegentreten sollen. Da er mit Schusswaffen überhaupt nicht umgehen kann, benutzt er als Einziger ein Schwert und gilt deswegen als Versager. Er leitet nun den Test-Trupp 35 (inoffiziell "Loser-Trupp" genannt), in dem schlechte, zurückgebliebene Schüler zusammengewürfelt werden. Doch eines Tages wird die mysteriöse und hochbegabte Ouka Ootori dem Loser-Trupp zugeteilt.