1682 publizierte er sein erstes Buch: Lettre sur la comète de 1680 ("Brief über den Kometen von 1680", das 1683 erweitert als Pensées diverses sur la comète de 1680 ("Verschiedene Gedanken über den Kometen von 1680") erschien. Hierin widerlegt Bayle zunächst die abergläubischen Vorstellungen, die man mit Kometen verband, und er wirbt für die Idee, dass alles Wissen ständig kritisch überprüft werden muss. Bayle verteidigt zwar verbal den christlichen Glauben gegen den in Mode geratenen Unglauben, entwirft aber zugleich die Grundlagen einer nicht religiös bestimmten Moral bzw. Ethik, wobei er - was damals alles andere als selbstverständlich war - davon ausgeht, dass ein Atheist nicht zwangsläufig auch sittenlos sein und unmoralisch handeln müsse