Der Schauplatz des entscheidenden Kampfs ist Xeneroville: Die beiden verfeindeten urzeitlichen Pokémon treffen aufeinander und setzen eine gewaltige Energie frei, welche die gesamte Hoenn-Region zu verwüsten droht! Rubin und Saphir schicken sich an, den Kampf der zerstörten Wesen zu beenden, doch ihr Weg führt zunächst zu einer eigenartigen Insel namens Wundereiland.