Der inhaltliche Schwerpunkt des Kirchenmusikalischen Jahrbuchs liegt auf der geistlichen Musik Ludwig van Beethovens. Ergänzend dazu erhält die Ausgabe Studien zur Musik der Renaissance und der osteuropäischen Kirchenmusik des 20. Jahrhunderts. Die Autoren befassen sich u. a. mit dem Ursprung und der Entwicklung der Musica sacra in der lutherischen Musikgeschichtsschreibung des 16. und 17. Jahrhunderts, dem liturgischen Ort des lutherischen Kirchenlieds im 16. Jahrhundert, mit einer Art der meditatio continua mortis, mit den Collage- und Décollage-Techniken in Arvo Pärts Credo (1968), mit der Intertextualität und Intermedialität im Offertorium des Codes Calixtinus uvm.